Namun, Kaoru dan yang lainnya kemungkinan besar akan tiba di Kyoto tepat saat Kenshin menjadi Rurouni lokal yang melawan Shishio dan anak buahnya. Namun, reuni mereka kemungkinan akan tertunda karena Kenshin sengaja menghindari mereka, dan mereka terus-menerus berada satu langkah di belakangnya dalam tindakan di Kyoto.
Rurouni Kenshin season 2 juga harus lebih mendalam dalam menjelajahi latar belakang Kenshin, terutama karena Shishio dan anak buahnya juga mantan pejuang Revolusi. Dengan mereka dan Kenshin memiliki pengalaman masa lalu yang sama, kemungkinan besar ini akan menjadi benang penghubung antara 2 kelompok sepanjang season.
Aspek kecil lainnya yang mungkin terjadi di season 2 termasuk pengenalan karakter baru di Kyoto yang bisa bergabung secara tidak resmi atau bahkan resmi dengan Tim Kenshin. Kemungkinan juga adanya kembalinya karakter tertentu dari season pertama, termasuk Aoshi Shinomori, yang nasib akhirnya masih belum jelas dalam alur cerita serial ini.
