Pada zaman Utsman, Muawiyah cukup banyak melakukan inspeksi militer ke daerah perbatasan daerah kekuasaannya di Syam. Pada 25 H ia menuju Anthakiyah dan Tarsus, tahun 26 H ia kembali melakukannya. Tahun 31 H, Muawiyah berangkat ke Daruliyah. Perbatasan yang berbentuk kepulauan ia serahkan penjagaannya kepada Habib bin Maslamah. Muawiyah juga beberapa kali turun langsung memimpin pasukannya sampai merambah celah bukit di Konstantinopel.
Pada zaman Utsman, Muawiyah mencoba meyakinkan untuk memakai angkatan laut demi membebaskan Qubrush (Cyprus). Utsman mengizinkannya dengan memberi syarat: Muawiyah harus membawa istrinya, dan pasukan yang berangkat harus dengan kemauan sendiri.
Muawiyah berhasil mengumpulkan armada hingga 1.700 kapal. Mereka tertarik karena sebuah hadist dari Ummu Haram binti Milhan (istri sahabat Nabi Ubadah bin Shamit) yang menyebutkan bahwa, akan ada sekelompok dari umatnya yang “mengarungi laut seperti raja-raja di singgasana”. Pada 28 H (649 M) mereka pun berangkat. Di bawah pimpinan Panglima Angkatan Laut Abdullah bin Qais al-Jasi, berhasil mengambil-alih Cyprus.
Di akhir pemerintahan, Sayyidina Utsman dituduh macam-macam oleh sebagian rakyatnya. Mulai dari tuduhan menggelapkan harta, boros, mengangkat keluarganya sendiri untuk menduduki jabatan penting, dan sebagainya. Pada masa-masa ini, Muawiyah terus membantu Utsman. Ketika mendengar kabar Utsman dibunuh oleh sekitar 500 pemberontak, Muawiyah berpidato di depan penduduk Syam, bersumpah akan menuntut balas kematiannya. Penduduk Syam sendiri bersumpah akan membantu Muawiyah dengan mengorbankan nyawa mereka.
Setelah Utsman terbunuh, para sahabat sepakat untuk menghukum qishash pelaku pembunuhan Utsman. Namun, mereka terbagi tiga kelompok tentang hal ini: Pertama, mereka harus di-qishash secepatnya sebelum baiat kepada Ali. Inilah pendapat Muawiyah dan pendukungnya. Muawiyah berpendapat jika qishash ditunda, pembunuhnya akan berbaur di kehidupan sehari-hari kaum muslimin dan mereka akan sulit dilacak.
Kedua, mereka harus di-qishash tetapi setelah Ali bisa mengendalikan keadaan sehingga tenteram kembali. Jika qishash dilaksanakan pada saat itu juga, maka keadaan akan makin kacau. Para perusuh akan melipatgandakan tekanannya kepada kekhalifahan. Ini adalah pendapat Ali dan pendukungnya. Mayoritas sahabat nabi menjadi pendukung Ali.