Setelah selesai dengan pembantaian terhadap khalifah dan penduduk Baghad, Hulagu Khan mengirim surat kepada An-Nashir, penguasa Damaskus, agar menyerah kepada pasukan Tartar. Permintaan ini ditolak.
Pada 658 H, pasukan Tartar menyeberangi sungai Furat dan bergerak menujuk Halb. Mereka pun bersiap-siap menyerang Damaskus.
Tentara Mesir yang dipimpin oleh Al-Muzhaffar dan panglima perangnya Ruknuddin Baybars Al-Bandaqari, menyambut kedatangan pasukan Tartar dengan semangat jihad tinggi.
Kedua pasukan bertemu di Ayn Jalut dan pertempuran sengit pun pecah pada 15 Ramadhan. Pasukan Tartar mengalami kekalahan telak dalam pertempuran ini. Sebagian kecil tentara Tartar yang mencoba melarikan diri terus dikejar oleh Baybars hingga ke Halb dan berhasil mengusir mereka dari tanah Arab.
Setelah Baghdad runtuh, Wangsa Abbasiyah mengungsi ke Mesir yang saat itu dikuasai Kesultanan Mamluk, hingga 659 H, belum juga ada khalifah di dunia Islam. Akhirnya, didirikanlah Khalifah di Mesir dan Al-Mustanshir diangkat sebagai khalifah pertama.
Dunia Islam kehilangan kekhalifahan selama 3,5 tahun.
Namun, berbeda dengan kekhalifahan di Baghdad, Khalifah Abbasiyah di Mesir sama sekali tidak memiliki wilayah kekuasaan dan hanya berperan sebagai simbol pemersatu dunia Islam.
Kekurangan dalam memiliki kekuatan politik menjadikan khalifah pada masa ini kerap terombang-ambing saat terjadi pergolakan di pemerintahan Mesir, membuat khalifah pada periode ini juga disebut dengan “khalifah bayangan.”
Sultan Mamluk bahkan mampu menunjuk khalifah yang baru atau menggulingkan khalifah yang sedang berkuasa.
Periode III berlangsung dari tahun 1261 diawali oleh Ahmad Al-Mustanshir Billah II sampai pada tahun 1517 masa Muhammad Al-Mutawakkil ‘Alallah III. Terdapat 17 khalifah pada periode ini.
Di antara mereka, tiga khalifah menjabat sebanyak dua kali dan seorang khalifah menjabat sebanyak tiga kali, dengan urutan sebagai berikut : Ahmad Al-Mustanshir Billah II (13 Juni 1261 – 28 November 1261), Ahmad Al-Hakim Bi Amrillah (1261-1302), Sulaiman Al-Mustakfi Billah II (1302-1340), Ibrahim Al-Watsiq Billah II (1340-1341).
Ahmad Al-Hakim Bi Amrillah II (1341-1352), Abu Bakar Al-Mu’tadhid Billah II (1352-1362), Muhammad Al-Mutawakkil ‘Alallah (1362-1377 periode pertama), Zakariyya Al-Musta’shim Billah II (1377-periode pertama), Muhammad Al-Mutawakkil ‘Alallah (1377-1383, periode kedua).
