Adapun tujuan PAFI adalah :
1. Mewujudkan Masyarakat Adil dan Makmur berdasarkan Pancasila dan UUD 1945
2. Mewujudkan Derajat Kesehatan yang Optimal bagi Masyarakat Indonesia.
3. Mengembangkan dan meningkatkan Pembangunan Farmasi Indonesia
4. Meningkatkan Kesejahteraan Anggota
