Baca juga : Dahsyatnya Doa Sapu Jagad Jika Dibaca Pada Hari Tasyrik
Adapun cara mengamalkan doa ini adalah disesuaikan dengan hajat yang diminta, misalnya untuk meminta kesembuhan, maka saat sakit dianjurkan untuk membacanya sebanyak 40 kali.
Hal ini seperti yang disampaikan dalam kitab Fathul Mu’in karya Al Imam Zainuddin bin Abdul ‘Aziz Al Malebari, seperti yang dikutip dari Dahsyatnya Doa Para Nabi karya Syamsuddin Noor.
“Barang siapa membaca doa ‘Laa ilaaha illaa anta…’ sebanyak 40 kali ketika sakit, jika ia meninggal karena sakitnya, akan diberi ganjaran seperti syuhada. Dan jika sembuh, ia akan mendapatkan ampunan dari Allah SWT. Semoga Allah SWT mengampuni dan menyelamatkan kita dari azab neraka.”
Para ulama sering membaca doa Nabi Yunus AS sebanyak 40 kali setelah salat Subuh. Beberapa juga mengamalkannya setiap hari sebanyak 1.000 kali untuk memohon pengampunan dosa.