Meskipun pemerintah India membantah bahwa undang-undang ini anti-Muslim dan mengatakan bahwa undang-undang tersebut bertujuan untuk membantu kelompok minoritas yang mengalami penganiayaan di negara-negara tetangga yang mayoritas penduduknya Muslim, masih terdapat tuduhan penganiayaan terhadap Muslim di India.
Organisasi hak asasi manusia menyebut beberapa tindakan pemerintah, seperti pencabutan undang-undang pada tahun 2019 terkait status Kashmir yang mayoritas Muslim dan pelarangan jilbab serta pembongkaran properti Muslim, sebagai contoh penganiayaan terhadap kelompok minoritas.