Kemendikbud juga telah meluncurkan kebijakan Merdeka Belajar Episode Ketiga, yang mencakup empat kebijakan terkait reformasi kebijakan dana Bantuan Operasional Sekolah. Salah satu kebijakan utamanya adalah penyaluran langsung ke rekening satuan pendidikan.
Selain itu, dana BOS juga dapat digunakan dengan lebih fleksibel tanpa batasan persentase penggunaan, dan pelaporan dana juga diperketat untuk menjaga akuntabilitas. Sekretaris Direktorat Jenderal Pendidikan Anak Usia Dini, Pendidikan Dasar, dan Pendidikan Menengah, Praptono mengatakan bahwa 96 persen atau 402.831 satuan pendidikan telah direkomendasikan untuk penyaluran pada gelombang pertama dan prosesnya masih berlangsung.