Namun, Puslitbang Perumahan dan Permukiman Kementerian Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (PUPR) melakukan audit konstruksi Masjid Agung pada 2019 yang mengharuskan pembangunan dihentikan sementara.
Audit yang seharusnya sudah keluar pada tahun tersebut baru diterima Pemkot Bogor pada 2020. Hasilnya, kontruksi tidak dapat menopang atap dengan beban berat yang mengharuskan pembuatan struktur baru.
Alhasil, pada APBD 2021, DPRD Kota Bogor bersama TAPD kembali menganggarkan Rp31,4 miliar dan pada APBD 2022 dianggarkan Rp26 miliar hingga memasuki pekerjaan tahap akhir di tahun 2023 silam. (YUD)