Bojan Hodak ditunjuk sebagai CEO Penang Football Club pada Mei 2016. Dia menandatangani Nenad Baćina sebagai kepala pelatih, mengganti tiga pemain dan tim mulai ada peningkatan. Pada musim kedua, Penang menjadi salah satu tim terbaik.
Pelatih asal Kroasia tersebut mendapatkan hasil terbaik dalam sejarah dengan memenangkan AFF U-19 Championship pada tahun 2018 dengan Malaysia U-19.
Bojan juga berhasil membawa Kuala Lumpur City Football Club meraih final cup pertama mereka setelah 22 tahun, sejak Malaysia FA Cup 1999. KLC FC juga berhasil memenangkan 2021 Malaysia Cup final dengan mengalahkan JDT dengan skor 2-0 di Bukit Jalil National Stadium.