Terakhir membahas soal harganya di Jepang, Wagon R terbaru varian ZL 2WD dijual mulai 1,43 juta yen atau sekitar Rp152, 3 juta.
Adapun banderol tipe Hybrid ZX 2WD senilai 1,709 juta yen (Rp182,1 juta), dan tersedia pula model khusus dengan jok yang bisa diatur seharga mulai 1,742 juta yen (Rp185,6 juta).