Pondok Pesantren Safinatul Qodiri dipimpin oleh sejumlah tokoh yang memiliki dedikasi tinggi terhadap perkembangan pendidikan dan dakwah. Ketua Yayasan Safinatul Qodiri adalah Bapak Aminnudin, sedangkan Ketua Umum Majelis Safinatul Qodiri adalah Bapak Eko Sulistyo.
Selain itu, terdapat beberapa tokoh penting lainnya yang turut memberikan peran serta dalam pengelolaan pondok pesantren ini, yaitu Bapak Salam, Bapak Rudini, dan Bapak Supriyadi yang tergabung dalam Majelis Safinatul Qodiri Jombang Rawa Lele. (*)
