Dengan Chairul Tanjung, Anwar memiliki hubungan yang erat melalui bimbingan dari mantan Menteri Keuangan era Presiden Soeharto, Mar’ie Muhammad, dan aktivis Adi Sasono. Melalui kedua tokoh ini, Anwar dan Chairul Tanjung menjalin hubungan dekat.
Selama masa muda, Anwar juga bersama-sama dengan Cak Nur membentuk organisasi Persatuan Pelajar Islam Asia Tenggara, dengan Anwar menjabat sebagai sekjen sementara Cak Nur sebagai ketua. Hubungan-hubungan ini menunjukkan kedekatan yang kuat antara Malaysia dan Indonesia, terlepas dari perbedaan pandangan dan kontroversi yang mungkin muncul dari waktu ke waktu.