Sebagai pendiri dan pimpinan Pondok Pesantren Al Zaytun, Panji Gumilang menghadapi ancaman hukuman pidana di atas lima tahun. Selain itu, ia juga terlibat dalam dugaan tindak pidana pencucian uang yang sedang diselidiki oleh Direktorat Tindak Pidana Ekonomi Khusus (Dittipideksus) Bareskrim Polri.