Anime Rurouni Kenshin mengikuti perjalanan seorang samurai bernama Kenshin Himura. Cerita ini berlatar belakang pada Era Meiji di Jepang, setelah periode Bakumatsu yang penuh konflik.
Kenshin, yang dulu dikenal sebagai Batosai si Pembantai, telah meninggalkan masa lalunya yang berdarah dan berjanji untuk tidak membunuh lagi.