Namun, kehadiran Belanda yang berusaha memanfaatkan kesempatan untuk menguasai Sumatera Barat membawa kedua kaum ini menjadi kalah atas perlawanan mereka terhadap Belanda.
Tuanku Imam Bonjol, pemimpin Kaum Padri yang mengajak Kaum Adat untuk bersatu melawan Belanda. Pada akhirnya mereka pun kalah karena kekuatan militer Belanda yang cukup besar.
Perang Pattimura
Perlawanan Maluku yang dipimpin oleh Thomas Matulessy atau Thomas Matulessia (atau Kapiten Pattimura) terhadap Belanda yang berusaha untuk menguasai Maluku dengan melakukan monopoli perdagangan.
Pertempuran besar pun terjadi di Benteng Duurstede, Saparua. Namun, pihak Belanda memerintah pasukan besar untuk mendesak rakyat Maluku. Yang pada akhirnya perlawanan tersebut melemah akibat dari tertangkapnya Thomas Matulessy dan Martha C. Tiahahu.
Perang Diponegoro
Merupakan perang yang paling besar yang pernah Belanda hadapi. Dipimpin oleh Pangeran Diponegoro dengan dukungan dari pihak istana, kaum ulama, dan rakyat Yogyakarta.
Perang Diponegoro berlangsung selama lima tahun dari 1825-1830. Namun, pada akhirnya Belanda memenangkan perang tersebut setelah menangkap Diponegoro.
Perang Jagaraga Bali
Perang ini terjadi karena protes Belanda terhadap peraturan Hak Tawan Karang yang dihapus oleh Bali.
Menyebabkan Belanda melangsungkan penyerangan dan terjadi peperangan antara kerajaan-kerajaan Bali yang dipimpin I Gusti Ketut Jelantik dengan pasukan Belanda. Pasukan Belanda pun memenangkan perangnya karena pasukan militernya lebih unggul.
Perang Banjar
Pangeran Hidayatullah dan Pangeran Antasari melakukan perlawanan atas Belanda yang ingin menguasai kekayaan alam Banjar dan campur tangan Belanda dalam urusan kesultanan.
Perlawanan rakyat Banjar pun melemah saat Pangeran Hidayatullah tertangkap dan dibuang ke Pulau Jawa. Sedangkan Pangeran Antasari terus melaksanakan perlawanannya hingga meninggal dunia.
Perang Aceh
Berawal dari pertentangan dari Teuku Cik Ditiro, Cut Mutia, Teuku Umar, Cut Nyak Dien, dan Panglima Polim terhadap Traktat Sumatera (1871).
Traktat Sumatera berisikan Belanda bebas meluaskan wilayah di Sumatera, termasuk Aceh. Rakyat Aceh pun melakukan perang jihad terhadap Belanda.
Namun, pihak Belanda berhasil menguasai Aceh pada awal tahun 1900-an dan pada 1903, Perang Aceh berakhir yang mengakibatkan sejumlah tokoh pahlawan tertangkap.
