Mengacu pada Rencana Induk Pengembangan (RIP) UIN 2004-2029, arah pengembangan FST: Tahun 2004-2009 sebagai tahapan institusionalisation (pelembagaan dari IAIN menuju UIN); Tahun 2010-2014 sebagai tahapan strengthening institusion (penguatan lembaga, ISO, akreditasi, sarana prasarana; Tahun 2015-2019 tahapan developing institusion (pengembangan lembaga, pengembangan fakultas dan prodi); Tahun 2020-2024 sebagai tahap tinggal landas (take off stage). Benchmarking ke perguruan tinggi tingkat Asia; dan Tahun 2025-2029 sebagai tahap terakhir yang disebut sebagai international participation (keterlibatan pada lembaga internasional).
Dari pengembangan tersebut kemudian rincian program pada masing-masing tahapannya diarahkan pada 16 bidang: (1) Kelembagaan; (2) Sumber Daya Manusia; (3) Kurikulum; (4) Pembelajaran; (5) Perpustakaan; (6) Penelitian; (7) Publikasi Ilmiah (8) Pengabdian Kepada Masyarakat; (9) Kemahasiswaan dan alumni; (10) Kerjasama; (11) Sarana Prasarana; (12) Pendanaan; (13) Manajemen; (14) Sistem Informasi; (15) Sistem Penjaminan Mutu; (16) Kesejahteraan. (adv/fik/rie)