Menurut Kepala MAN Insan Cendekia Joko Miranto, saat mendirikan SMU Insan Cendekia, Habibie ingin sekolah itu mengajarkan iptek (ilmu pengetahuan dan teknologi) dan imtak (iman dan takwa).
”Siswa-siswa SMU Insan Cendekia berasal dari pesantren-pesantren dan madrasah tsanawiyah dari pelosok tanah air,” kata Joko.
Sekolah itu memiliki fasilitas yang cukup lengkap dan modern. Semua ruang belajar dilengkapi sarana berbasis TI dan full AC. Fasilitas lainnya berupa perpustakaan, poliklinik, auditorium, masjid, lapangan sepak bola, kolam renang, fitness center, dan minimarket. Kamar di asrama juga cukup nyaman untuk ditinggali.
Saat A.S. Hikam menjabat Menristek di era Presiden Abdurrahman Wahid, SMU Insan Cendekia dialihkan dari BPPT ke Departemen Agama (sekarang Kementerian Agama). Sejak 2001 namanya berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Insan Cendekia yang pengelolaannya di bawah Ditjen Pendidikan Islam Kementerian Agama.
Meski berubah menjadi MAN, pembelajaran di sekolah itu tetap menggunakan sistem saat masih berstatus SMA. Habibie tidak berkeberatan dengan perubahan itu. Dia tetap menjalin hubungan dengan para pengelola sekolah tersebut. Terakhir Habibie berkunjung ke MAN Insan Cendekia Gorontalo pada 2 Maret 2014. Selain di Gorontalo, MAN Insan Cendekia terdapat di Serpong dan Jambi.
Seluruh siswa MAN Insan Cendekia tinggal di asrama. Mereka mendapat beasiswa penuh mulai masuk hingga lulus. Para siswa berasal dari berbagai daerah di Indonesia. Tahun lalu, di antara 120 siswa yang diterima, paling banyak berasal dari Gorontalo, yakni 34 orang. Sisanya dari Jakarta, Jawa Barat, Jawa Timur, Jawa Tengah, Jogjakarta, Banten, NTB, NTT, Sulawesi Selatan, Sulawesi Tengah, Sulawesi Utara, Sulawesi Tenggara, Papua, dan provinsi lain.
Sesuai namanya, sekolah unggulan, seleksi masuk MAN Insan Cendekia juga ketat. Tahun lalu, misalnya, di antara 5 ribu pendaftar, yang diterima hanya 360 siswa. Mereka dibagi masing-masing 120 siswa ke MAN Insan Cendekia Gorontalo, Serpong, dan Jambi. Yang terakhir itu baru berdiri tahun lalu.
Kementerian Agama memang terus mengembangkan MAN Insan Cendekia di berbagai daerah. Dalam perencanaannya, akan ada 20 MAN Insan Cendekia di seluruh Indonesia. MAN Insan Cendekia baru yang siap menerima siswa pada 2015 adalah Banda Aceh; Siak, Riau; Pekalongan, Jawa Tengah; Palembang, Sumatera Selatan; Paser, Kalimantan Timur; dan Pangkal Pinang, Bangka Belitung.
